検索結果をファイルとして出力は可能ですか？

はい。比較画面より、絞り込んだ商品情報をCSV形式およびEXCEL形式（ver.6.4.2.5以降で対応）にて出力する機能があります。

PDFによる出力機能はありませんので、OSの印刷機能を使ったPDF出力をご利用ください。